Το Χημικό Εργαστήριο είναι εξοπλισμένο με όργανα και υλικά τελευταίας τεχνολογίας όπως πεχάμετρο, ιοντόμετρο, αγωγιμόμετρο, φασματοφωτόμετρο ορατού – υπεριώδους, φυγόκεντρο, θολερόμετρο, μικροσκόπιο, ζυγοί ακριβείας, αυτόματο τιτλοδότη, συσκευή υπερκάθαρου νερού, συσκευή Kjeidahl, μανομετρική συσκευή BOD₅, κλίβανοι ξήρανσης των 105 ⁰C και των 550 ⁰C, θερμαντικές και μαγνητικές πλάκες ανάδευσης, υαλικά χημείου, πλυντήριο υαλικών, χημικά αντιδραστήρια.

Στο Χημικό Εργαστήριο γίνονται χημικές αναλύσεις των εισερχόμενων αστικών λυμάτων στο βιολογικό καθαρισμό, των επεξεργασμένων λυμάτων (εκροή Βιολογικού) και της λάσπης που παράγεται από την επεξεργασία των λυμάτων.

Πιο συγκεκριμένα οι χημικές αναλύσεις που γίνονται στο Βιολογικό Καθαρισμό είναι οι εξής:

Βιοχημικά απαιτούμενο οξυγόνο (BOD₅), χημικά απαιτούμενο οξυγόνο (COD), ολικό άζωτο (total N), αμμωνία (NΗ₄-N), νιτρικά (NO₃-N), ολικός φώσφορος (total P), αιωρούμενα στερεά (SS), πτητικά στερεά (VSS), ηλεκτρική αγωγιμότητα (E.C.).

Σκοπός των παραπάνω αναλύσεων είναι η παρακολούθηση της αποτελεσματικής λειτουργίας του Βιολογικού Καθαρισμού και η άμεση πρόβλεψη και παρέμβαση σε τυχόν δυσλειτουργίες.

Ο καθημερινός έλεγχος των παραπάνω παραμέτρων εξασφαλίζει την άριστη λειτουργία του Βιολογικού Καθαρισμού Ρεθύμνου.

Στο Χημικό Εργαστήριο επίσης γίνονται αναλύσεις στα Βιομηχανικά Απόβλητα (ανεπεξέργαστα και επεξεργασμένα) της Εγκατάστασης Επεξεργασίας Βιομηχανικών Αποβλήτων. Οι χημικές παράμετροι που αναλύονται εδώ είναι οι ίδιες με του Βιολογικού Καθαρισμού.

Τέλος γίνονται χημικές αναλύσεις στο πόσιμο νερό της πόλης του Ρεθύμνου καθώς και σε νερά που προέρχονται από νέες γεωτρήσεις. Οι χημικές παράμετροι που εξετάζονται είναι οι εξής:

Ηλεκτρική αγωγιμότητα (Ε.C.), pH, χλωριόντα (Cl^–), σκληρότητα (ολική και μόνιμη), διττανθρακικά άλατα (HCO₃), θειικά άλατα (SO₄^{– –}), νιτρικά (NO₃^–), νιτρώδη (ΝΟ₂^–), αμμωνιακά (ΝΗ₄⁺), ασβέστιο (Ca⁺⁺), μαγνήσιο (Mg⁺⁺), σίδηρος(Fe⁺⁺).

Οι παραπάνω αναλύσεις είναι μεγάλης σημασίας διότι ελέγχεται ανά πάσα στιγμή η ποιότητα του πόσιμου νερού που φτάνει στον καταναλωτή.

Το Μικροβιολογικό Εργαστήριο είναι εξοπλισμένο με όργανα τελευταίας  τεχνολογίας όπως κλίβανος ξηρής αποστείρωσης, κλίβανος υγρής αποστείρωσης, θάλαμοι επώασης, συσκευές διήθησης με αντλία κενού, μετρητής αποικιών, μονάδα ασηπτικής εργασίας, ψυγεία αποθήκευσης δειγμάτων, μικροβιολογικά θρεπτικά υλικά, υαλικά εργαστηρίου.

Στο τμήμα αυτό του εργαστηρίου γίνονται μικροβιολογικές αναλύσεις στην εκροή του Βιολογικού Καθαρισμού. Οι μικροβιολογικές παράμετροι που εξετάζονται είναι: τα ολικά κολοβακτηριοειδή, τα κολοβακτηριοειδή κοπράνων, η Escherichia coli και οι κοπρανώδεις στρεπτόκοκκοι.

Το νερό της εκροής του Βιολογικού χρησιμοποιείται στο πότισμα των κήπων του Βιολογικού. Είναι απαραίτητο λοιπόν το νερό αυτό να χλωριώνεται και να παρακολουθείται το μικροβιακό του φορτίο πριν και μετά τη χλωρίωση. Το εργαστήριο παρακολουθεί ανελλιπώς την ποιότητα της εκροής και παρεμβαίνει όταν χρειάζεται.

Παράλληλα στο μικροβιολογικό εργαστήριο γίνονται μικροβιολογικές αναλύσεις της παραγόμενης λάσπης του Βιολογικού.

Τέλος, το πιο σημαντικό κομμάτι είναι ο μικροβιολογικός έλεγχος της ποιότητας του πόσιμου νερού της πόλης μας. Πιο συγκεκριμένα οι μικροβιολογικές παράμετροι που εξετάζονται στο πόσιμο νερό είναι οι εξής:

Τα ολικά κολοβακτηριοειδή, τα κολοβακτηριοειδή κοπράνων, η Escherichia coli, οι κοπρανώδεις στρεπτόκοκκοι και η ολική μεσόφιλη χλωρίδα.

Οι αναλύσεις αυτές είναι μείζονος σπουδαιότητας διότι επιτρέπουν στην ΔΕΥΑΡ την εξασφάλιση στους καταναλωτές άριστης ποιότητας νερού.

Με το Αναλυτικό Εργαστήριο η ΔΕΥΑΡ μπορεί πλέον να αντιμετωπίζει προβλήματα στη λειτουργία του Βιολογικού Καθαρισμού, προβλήματα ποιότητας που αφορούν στο πόσιμο νερό αλλά και γενικότερα προβλήματα περιβαλλοντικής διαχείρισης στην ευρύτερη περιοχή του Ρεθύμνου.